Создан распоряжением Главы города Армавира в 1996 году, на базе городской больницы № 1, с целью оптимизации коечной сети и улучшения условий оказания специализированной медицинской помощи по онкологии. В 2003 году приказом департамента здравоохранения Краснодарского края Армавирский муниципальный онкологический диспансер наделен функциями межтерриториального онкологического центра по оказанию специализированной медицинской помощи по онкологии жителям г.Армавира. В 2007 году перерегистрирован в государственное учреждение здравоохранения Краснодарского края «Армавирский онкологический диспансер».

Деятельность диспансера осуществляется на основании лицензии выданной Министерством здравоохранения Краснодарского края № ЛО-23-01-014475  дата выдачи 30.03.2020 г.  в соответствии с которой осуществляет следующие виды деятельности: оказание специализированной помощи по онкологии, гематологии, лучевой диагностике и лучевой терапии, УЗИ-диагностике, трансфузиологии,эндоскопии, лабораторной диагностики, патологической анатомии, контролю качества лечения, экспертизе временной нетрудоспособности.

Основные подразделения находятся  по ул. Маршала Жукова 177, где расположены поликлиника (время работы ПН-ПТ 07⁰⁰-20⁰⁰  СБ 08⁰⁰-15⁴⁰), тел. регистратуры 8 (86137) 3-32-06, клиническая лаборатория, патологоанатомическое отделение и стационарный корпус с отделениями гематологии на 40 коек, в том числе 10 коек химиотерапии, 10 коек радиологии и  и отделение хирургической онкологии на 40 коек . По ул. Энгельса, 4 расположено отделение лучевой терапии (время работы 07⁰⁰-20⁰⁰).

Армавирский онкологический диспансер, помимо обслуживания жителей г. Армавира, с 2003 года согласно приказа департамента здравоохранения Краснодарского края оказывает специализированную онкологическую помощь жителям Отрадненского, Мостовского, Успенского, Новокубанского, Лабинского, Курганинского, Гулькевичского, Кавказского районов.